За ГИМС закреплены организация и осуществление федерального государственного надзора за маломерными судами и безопасностью людей на водных объектах. ГИМС также продолжит вести реестр маломерных судов, государственную регистрацию и освидетельствование маломерных судов, аттестацию на право управления ими.
